Každý gram půdy obsahuje milióny mikroorganismů, které se účastní přeměny organické hmoty a umožňují tak koloběh živin důležitých pro růst rostlin. Ve svrchní vrstvě půdy jsou průběžně ukládány rostlinné a živočišné zbytky (odumřelé organismy, kořeny, dřevo, posklizňové zbytky apod.). Většina těchto látek je zpracována půdními organismy. Jejich činností dochází k rozkladu organických látek na jednoduché sloučeniny, např. oxid uhličitý
(CO2) a vodu, anebo je tato hmota rozkládána a následně syntetizována (přetvářena) do forem zvaných humus
. Tento proces může být urychlen kompostováním.
Humus má v půdě nezastupitelnou roli, neboť zvyšuje její úrodnost. Humus vzniká činností půdních organismů. Tyto pochody probíhají buď uvnitř těl půdních organismů, nebo působením enzymů
mimo jejich těla. Většina organických látek, která je vyprodukována rostlinami, se každoročně rozkládá a stává se součástí půdy, humus je tedy tvořen odumřelými organickými látkami v různé fázi rozkladu. Důležitým parametrem je jeho kvalita a množství. Nejkvalitnější humus vzniká za příznivých podmínek, pod listnatými a smíšenými porosty v mírném až teplém klimatu, za dobrých podmínek vodního režimu, na půdách dostatečně hlubokých, dobře provzdušených a zásobených živinami s bohatou vegetací. Podíl humusu v našich orných půdách je 1,8–2,2 %.
Zatímco půdní mikroflóra (bakterie, řasy) rozkládá organickou hmotu na jednodušší chemické sloučeniny a minerální látky, které jsou živinami pro rostliny, činnost půdních živočichů (např. žížaly) spočívá hlavně v mechanickém zpracování mrtvé organické hmoty.