Emise oxidu uhelnatého (CO) a uhlovodíků
(CxHy) vznikají důsledkem nedokonalého spalování. Může k nim docházet při příliš nízkých teplotách spalování, při příliš krátké době prodlevy ve spalovací zóně nebo nesprávným smísením paliva a spalovacího vzduchu, což vede v určitých místech k nedostatku kyslíku. Opatřením proti vzniku těchto látek je proto dostatečné promísení vzduchu a paliva v systému spalování. Tato opatření jsou však v rozporu s metodami předcházení vzniku oxidů dusíku (NOx), kdy je naopak žádoucí spalovat při nižších teplotách a malém přebytku vzduchu.
Problémy s emisemi CO a CxHy mohou také nastávat v případě nestejnorodého paliva, tedy paliva skládajícího se z různých látek a příměsí, což se může stát v případě spalování biomasy nebo odpadů ve spalovnách.
V současné době je provoz velkých spalovacích zařízení řízen moderními regulačními systémy, proto emise těchto látek již nebývají problematické.